Genoomrecherche is (n)iets op het spoor in Wuhan




Wat doen stukjes erfelijk materiaal van coronavirussen in de genoomvolgordes van katoen en rijst? Deze week zette een internationaal team van onafhankelijke onderzoekers een manuscript op een preprintserver waarin zij „bewijs” presenteerden dat het Wuhan Institute of Virology onveilig en in het geheim werkt met gevaarlijke virussen. Met andere woorden: hier zijn de stille getuigen van een mogelijk laboratoriumongeluk dat aan de wieg stond van de pandemie door coronavirus SARS-CoV-2.„Kaboom”, twitterde één van de auteurs, Yuri Deigin. Zo trok hij een lange neus naar China en de Wereldgezondheidsorganisatie die in een gezamenlijk rapport een laboratoriumongeluk als oorzaak „uiterst onwaarschijnlijk” noemden. De „forensische bio-informatica” zou anders doen vermoeden. Verborgen sporenWat hebben Deigin en kompanen dan gevonden? Op zoek naar verborgen sporen van verzwegen virusonderzoek in Wuhan plozen zij de genoomsequenties na van landbouwgewassen die in de laatste vier jaar gedeponeerd zijn in de internationale genetische databank NCBI. En dat was raak; in een genoom van een katoenplant vonden ze de genetische lettervolgorde van een MERS-achtig coronavirus. Die sequentie leek erg veel op die van een vleermuisvirus, HKU-5.De katoenplant was in september 2018 gesequencet door onderzoekers van de Huazhong Agricultural University, een landbouwuniversiteit in Wuhan. Kennelijk zonder het te beseffen hadden ze per ongeluk ook een virus meegenomen. Maar dat virus is volgens Deigin thuis te brengen bij het WIV, dat in oktober 2019 het genoom ervan in een databank deponeerde. Waarschijnlijk zijn de monsters van katoen en het virus tegelijk gesequencet in dezelfde machine, redeneert Deigin, waardoor er vermenging kon optreden. Mogelijk is daarbij ook niet veilig gewerkt stelt Deigin, want in het genoom van andere katoenplanten en rijst trof zijn team ook gedeeltelijke sequenties aan van voor de mens gevaarlijke virussen. Een spoor van SARS-CoV-2 hebben ze niet kunnen vinden.Een bekend probleemWat betekent deze ontdekking? Bio-informaticus Dick de Ridder van Wageningen Universiteit is sceptisch. „De mechanismen waarover de auteurs het hebben, bestaan. Het aantreffen van ‘vreemd’ materiaal is een bekend probleem bij het sequencen.” Vaak worden er meer monsters tegelijk gesequencet, die uit elkaar worden gehouden met korte dna-barcodes gekoppeld aan de dna-fragmenten. Meestal gaat dat goed, maar de barcodes worden niet altijd perfect zuiver geleverd of soms per ongeluk verwisseld in het lab. Overtuigd van de conclusies is De Ridder allerminst. „Sowieso past gezonde scepsis bij preprints”, zegt hij. „En in dit geval lijken de auteurs specifiek op zoek naar data om een punt te kunnen maken. Ze hebben niet gecontroleerd of dezelfde verontreinigingen ontbreken in andere datasets. Het artikel werkt erg toe naar een conclusie waarin gesuggereerd wordt dat Chinese laboratoria SARS-CoV-2 hebben laten ontsnappen. Dat zou best kunnen, maar op basis van deze beperkte aanwijzingen zijn de gedachtesprongen, aannames en conclusies veel te groot .”Iedere week bespreekt de redactie wetenschap hier ophef in de wetenschap.

Written by 

Geef een reactie

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Vereiste velden zijn gemarkeerd met *